自動進樣器可實現無人操作，設置好進樣參數后，可以依次用于成百個樣品的進樣和分析。許多自動進樣器都會采用快速進樣技術，避免了歧視效應和針分餾。扎針、注射、從進樣口拔針這些操作步驟的循環時間不到一秒鐘，提升了分析結果的重現性。一般來說，自動進樣器就是把人工手動進樣的操作程序化、機械化、自動化，然后形成的一種自動化儀器，其基本工作流程包括：樣品抽取—進樣—洗針—再抽取—再進樣，其操作順序可以通過儀器設置來進行改變。具體流程如下：
1、PC機發送指令和參數（設置樣品安裝數量、位號、樣品量、進樣速度等參數）到控制器（PLC），控制器產生相應信號控制樣品托盤電機轉動完成樣品位號定位；
2、位移電機控制注射器滑車下降，注射針到達待抽取樣品位置；
3、注射器在抽取電機的控制下，提升注射器拉桿定量抽取樣品；
4、托盤電機和位移電機控制注射器滑車和樣品底盤依次復位，完成進樣定位；
5、位移電機控制注射器滑車下降，將注射器的針頭插入色譜進樣口；
6、進樣控制電機控制注射器拉桿快速下降，將液體樣品注入色譜儀；
7、進樣控制電機、托盤電機和位移電機在控制器（PLC）時序命令的控制下進入注射針準備狀態；
8、注射器洗針過程。
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